Prostor: FAMNIT-1-MP1 ob 16.00
Naslov: Z analizo strukture DNA izboljšamo metode za razpoznavanje zaporedij DNA in njihove biološke funkcije
Predavatelj: Jan Zrimec, Fakulteta za vede v zdravju, UP
Povzetek:
Metode za razpoznavanje zaporedij DNA so danes zelo pomembno orodje za obdelavo naraščajoče količine genomskih podatkov. Omogočajo odkrivanje regij DNA, ki kodirajo gene, in nekodirajočih regij, kjer lešijo posebne regulatorne regije DNA, ki regulirajo potek izrašanja in prenosa genov.
Molekula DNA ima poleg primarne strukture – zaporedja – številne druge – strukturne – lastnosti, ki regulirajo interakcijo DNA s proteini in potek izrašanja ter prenosa genov. Zato je pomembno razviti metode za razpoznavanje regulatornih regij DNA na podlagi analize strukturnih lastnosti.
Predstavil bom razvoj in validacijo metod za razvrščanje in poravnavo regij DNA, ki regulirajo horizontalni prenos genov v procesu konjugacije in izrašanje genov, pri bakterijah. Primerjava novih metod, ki analizirajo sekundarni nivo informacij kodiranih v strukturnih lastnostih DNA, z metodami primarnega zaporedja, kaše zelo obetavne rezultate.
Novi algoritmi za poravnavo, ki temeljijo na načinih predstavitve in kompresije zaporedij DNA izpeljanih iz strukturnih lastnosti, omogočajo iskanje regulatornih regij v organizmih, kjer jih do sedaj še nismo mogli najti. Rezultati so zato uporabni v zdravstvu, predvsem pri ugotavljanju prenosa odpornosti na antibiotike.
Vabljeni!
